申请ISO 9001质量管理体系认证通常包含以下流程：

1. 准备阶段：了解ISO 9001标准的要求，评估组织现有的质量管理体系，确定申请认证的范围和目标。

2. 文件准备：编制并完善质量管理体系文件，包括质量手册、程序文件、作业指导书等。

3. 内部审核：进行内部审核，检查质量管理体系的有效性和合规性，发现潜在问题并进行改进。

4. 选择认证机构：选择经过认可的认证机构，向其提交认证申请。

5. 认证审核准备：认证机构与组织进行预审，确认质量管理体系文件的完整性和合规性。

6. 外部审核阶段1：认证机构派出审核团队进行第一阶段的审核，审核质量管理体系文件的完整性和合规性。

7. 外部审核阶段2：认证机构派出审核团队进行第二阶段的审核，现场审核质量管理体系的有效性。

8. 审核报告和决策：审核团队提交审核报告给认证机构，认证机构根据审核结果做出认证决策。

9. 颁发认证证书：如果认证审核结果合格，认证机构颁发ISO 9001质量管理体系认证证书。

10. 持续改进：获得认证后，组织需要持续改进质量管理体系，以保持认证的有效性。

以上是ISO 9001质量管理体系认证的一般流程。请注意，具体的流程和要求可能因认证机构的具体要求和审核计划而有所不同。在申请ISO 9001认证时，建议与认证机构进行充分的沟通和协商，以确保认证过程的顺利进行。同时，组织可以考虑与专业的认证咨询机构合作，获取更详细和针对性的指导和支持。