申请婴儿颅骨矫形固定器的马来西亚MDA认证时，可能需要进行制造工厂的审核，以确保设备的制造过程、质量管理体系和生产设施都符合认证要求和标准。然而，是否需要进行工厂审核取决于多个因素，包括设备的分类、风险等级以及MDA的要求。

一般来说，需要制造工厂审核的情况可能包括：

1. **高风险设备：** 如果婴儿颅骨矫形固定器属于高风险类别的医疗设备，MDA可能会要求进行制造工厂审核，以确保设备的制造和质量控制过程受到有效管理。

2. **认证机构要求：** 一些认证机构可能会要求对制造工厂进行审核，以确认其符合国际质量管理标准（如ISO 13485）。

3. **前期审核：** 在首次申请认证时，可能需要进行一次工厂审核以验证制造工厂的能力和符合性。

4. **定期审核：** 即使通过了初始工厂审核，认证机构可能会要求定期进行工厂审核，以确保制造工厂仍然保持了合规性和质量标准。

请注意，是否需要进行工厂审核以及具体审核的深度和范围会根据设备的性质和MDA的要求而有所不同。在申请婴儿颅骨矫形固定器的马来西亚MDA认证时，您应该与认证机构或专业顾问联系，以获取详细的审核要求和流程信息。他们将能够为您提供具体的指导，以确保您的申请过程顺利进行。