申请肩关节假体系统的欧洲MDR CE认证需要遵循一系列步骤和程序。以下是一般的申请流程：

1. **确定适用的分类**：首先，确定肩关节假体系统属于欧洲MDR中的哪个类别。根据MDR的分类规定，医疗器械被分为不同的风险等级，不同等级的产品需要遵循不同的审批程序。

2. **选择认证机构**：选择一个受欧洲认可的认证机构（通常称为认可机构或Notified Body），负责对您的产品进行评估和审核。确保该认证机构有资质认可进行您产品的认证。

3. **准备技术文件**：收集肩关节假体系统的详细技术文件，包括产品规格、设计说明、材料组成、制造过程等。这些文件应当符合MDR的要求，并提供充分的技术信息，以证明产品符合相关安全和性能标准。

4. **申请评估**：向选定的认证机构提交申请，并提供您准备好的技术文件。认证机构将对文件进行评估，可能进行现场审核，以确保产品符合MDR的要求。

5. **申请审批**：认证机构完成评估后，如果认为您的产品符合MDR的要求，将颁发CE认证证书。

6. **持续合规**：获得CE认证后，您需要确保产品持续合规，并监督产品的安全性和性能。同时，您还需要遵守MDR的其他规定，如注册和报告义务等。

请注意，欧洲MDR CE认证是一个复杂且需要时间的过程，时间和成本可能因产品类型和认证机构而异。在申请过程中，您可能需要与认证机构进行多次沟通和协商，以确保所有要求得到满足。建议您寻求专业咨询或代理支持，以帮助您更好地理解和完成欧洲MDR CE认证的申请流程。