要将肩关节假体系统出口到菲律宾，您需要满足菲律宾的医疗器械法规和质量标准。以下是一般情况下可能需要的资质认证和文件：

1. **CE认证**：CE标志是欧洲共同市场的认证标志，但在许多国家也被接受。获得CE认证表明您的产品符合欧洲相关法规的要求，可以作为质量和安全的证明。

2. **ISO认证**：特别是ISO 13485，它是医疗器械质量管理体系的国际标准。菲律宾通常接受符合ISO 13485标准的产品。

3. **菲律宾FDA注册**：您需要在菲律宾食品和药品管理局（Food and Drug Administration，简称FDA）注册您的医疗器械，以获得在菲律宾市场销售的许可。

4. **产品技术资料**：您需要提供肩关节假体系统的详细技术资料，包括产品规格、设计图纸、使用说明书等。

5. **产品质量和安全测试报告**：菲律宾可能要求您提供经过认可的质量和安全测试报告，以证明产品符合相关标准。

6. **公司注册资料**：您需要提供您的公司注册资料，包括注册证明、营业执照等。

7. **授权代理文件**：如果您通过代理商进行出口，可能需要提供相关的授权代理文件。

以上仅是一般性的要求，具体的资质认证和文件可能会因产品类别、规格和菲律宾的法规要求而有所不同。因此，建议您在准备出口菲律宾前，与菲律宾的贸易机构或当地代理商取得联系，了解详细的要求并获得专业指导。确保您的产品符合菲律宾的法规，这样才能顺利完成出口手续并进入菲律宾市场。