当在审核MDSAP体系时发现问题时，您的公司应该采取以下措施进行整改：

1. 立即记录问题：在审核过程中，如果审核员发现了问题或不符合MDSAP要求的地方，立即记录这些问题。确保问题被准确记录，包括问题的描述、地点、时间和相关的审核发现。

2. 确定原因：对于发现的问题，进行 root cause analysis，找出问题产生的根本原因。只有了解问题的根本原因，才能采取有效的纠正措施。

3. 制定纠正措施：基于问题的根本原因，制定纠正措施，以解决问题并避免问题再次发生。确保纠正措施是切实可行的，能够有效地解决问题。

4. 制定预防措施：除了纠正措施，还需要制定预防措施，以预防类似问题的再次发生。预防措施是对体系进行持续改进的重要手段。

5. 实施措施：将制定的纠正措施和预防措施落实到实际操作中。确保措施得到有效执行，并在整个组织范围内推广。

6. 跟踪和监控：跟踪和监控纠正措施和预防措施的执行情况，并确保措施的有效性。如果措施没有达到预期效果，需要及时进行调整和改进。

7. 记录整改过程：整个整改过程应该进行记录，包括采取的措施、执行情况和效果等。这些记录将成为审核的重要依据。

8. 审核闭环：在下一次MDSAP审核时，审核员将评估公司对问题的整改情况。确保问题得到彻底解决，并通过审核闭环确认整改的有效性。

通过及时、有效地采取整改措施，您的公司可以提高质量管理体系的合规性和有效性，并确保MDSAP体系持续符合要求。整改措施的执行是MDSAP认证成功的重要因素之一，因此请务必对问题的整改过程予以重视。